一个合理的PCR仪实验室，要时刻注意污染的监测，考虑有无污染是什么原因造成的污染，以便采取措施来防止和消除污染。对于PCR仪的对照实验一般有以下几种：

　　1.重复性试验。

　　2.选择不同区域的引物进行PCR扩增。

　　3.阳性对照

　　在建立PCR反应实验室及一般的检验单位都应设有PCR阳性对照，它是PCR反应是否成功、产物条带位置及大小是否合乎理论要求的一个重要的参考标志。阳性对照要选择扩增度中等、重复性好，经各种鉴定是该产物的标本，如以重组质粒为阳性对照，其含量宜低不宜高(100个拷贝以下)。但阳性对照尤其是重组质粒及高浓度阳性标本，其对检测或扩增样品污染的可能性很大。因而当某一PCR试剂经自己使用稳定，检验人员心中有数时，在以后的实验中可免设阳性对照。

　　4.阴性对照

　　每次PCR实验务必做阴性对照包括：

　　①标本对照

　　被检的标本是血清就用鉴定后的正常血清作对照;被检的标本是组织细胞就用相应的组织细胞作对照；

　　②试剂对照

　　在PCR仪试剂中不加模板DNA或RNA，进行PCR扩增，以监测试剂是否污染。